El sistema de Comisiones de Trabajo, en las que se da participación a los hermanos ajenos a la Junta de Gobierno, trata de hacer más abierto el foro de debate de la Hermandad, así como hacer extensivo a todos los hermanos interesados la intervención en asuntos importantes.

Igualmente se pretende obtener un mayor grado de maduración de los asuntos a través de los estudios previos que las distintas comisiones han de elaborar.

Las comisiones no tienen capacidad ejecutiva, constituyendo su tarea la de asesorar y aconsejar a la Junta de Gobierno, elaborando propuestas para su aprobación por ella. Todas las Comisiones están presididas por el Hermano Mayor que puede delegar en las personas que designe él, pero sin hacer renuncia de su condición de presidente de todas ellas.